A tenyésztési programok célja a jövedelmezőség növelése, amelyet számos módon elérhetünk: fokozhatjuk a termelést, növelhetjük a hasznos élettartamot, javíthatjuk az egészségi tulajdonságokat,  vagy a termékenységet.

Az STgen kromoszómális párosítási programja azért egyedülálló, mert valójában egy gazdasági tulajdonságot optimalizál miközben alkalmazkodik a beltenyésztési depresszióhoz. A becslési program háromféle párosítást tartalmaz: korrektív lineáris, törzskönyvi és genom alapú. Egy genom párosítás során a legfrissebb genom információkat használjuk fel minden egyes tehén esetében. 

Az StGen a CDCB* által készített genom kapcsolati adatokat is felhasználja, hogy a bikák és tehenek közötti tényleges beltenyésztési kapcsolatot meghatározza. Ez az adatbázis több mint 5000 bikát és 1,3 millió tehenet tartalmaz.

A kromoszómális párosítási programban lehetőség van a korrektív lineáris, törzskönyvi vagy genom információk beépítésére a legjobb párosítási megoldások előállítása érdekében.